生信分析工具,生信分析软件都有哪些

　　将信息分析平台封装在docker容器中，并制作镜像。可以在评论区留言获取镜像。

　　1.环境中配置了一台鲲鹏服务器(或一台ARM64服务器)。

　　安装docker(运行docker查看服务器是否安装)

　　2.启用盛鑫发行版的初始运行命令，创建并进入docker容器。(服务器只需要启动一次，不需要重复)

　　sud docker run-p 9090:8888-ejupyter _ enable _ lab=yes-v/home/:/home/jovian/my work-it-user root-name mybiojupyter biojupyter:v2 bash退出容器：exit

　　启动jupyterLab获取jupyterLab网址和令牌，主机浏览器访问jupyter lab网址。

　　命令：jupyterlab-allow-root

　　出现如下界面，即启动成功！

　　JutterLab的网址：http://服务器IP:9090/token=XXXX，上图JutterLab启动后的令牌=19 BC 9 ba 2d 997 c 2166 Fe 4a 8 C1 f 9 DD 2 e 30382284d 51 c 259。

　　浏览器截图如下：

　　(现有窗口正在运行jupyterLab服务)创建一个新窗口，并从此窗口输入容器。

　　运行命令：docker exec-it-user root mybiojupyter bash

　　Ubuntu系统安装在容器中，使用系统命令可以随意操作。已安装python \ R language \ conda \ pip \ biopthon \ gatk等软件。

　　jupyterLab简单样本介绍

　　转到work\biopython目录，在jupyterLab上查看示例biopython程序，如下所示

　　Juerlab提供了一个交互式计算环境。可以写python程序，makedown文档，通用数据文本，开放命令行接口等。在jupyerLab的UI上。

　　jupyterLab官方使用指南

　　数据上传和处理

　　服务器的/home/data绑定到容器的/home/jovyan/mywork/data目录，挂载一个10T的数据盘。

　　只需将数据集上传到服务器的/home/data目录或者容器的/home/jovyan/mywork/data目录，就可以调用软件对容器中的数据进行处理。

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