lefse分析的图怎么看,lefse分析的数据格式

　　记录在centos7.5中配置lefse时遇到的问题。

　　1.下载lefse软件包，将其解压缩，并检查“requirements.txt”文件。必需的R和python包列表：

　　-R-R库：Splines，Stats4，Survival，MVT范数，模型工具，Coin，Mass-Python库：RPY2 (v.2.1或更高版本)，Numpy，Matplotlib (v.1.0或更高版本)，Argparser的几个包安装没问题，跳过。

　　主要问题是包rpy2。我的服务器python版本是2.7，新的rpy2已经不支持python2了。

　　所以不能直接用pip install安装，只能本地下载，而且只能下载旧版本：

　　https://pypi.org/project/rpy2/2.5.0/#files

　　尝试了几个版本，最终选择了2.5.0版本。

　　Sudpythonsetup.pyinstall报告了一个错误：/bin/ld:找不到-lR再次报告了一个错误。搜索到这个错误后，在默认路径中找不到通常需要的lib。解决方案通常是建立一个软链接：

　　在R lib的路径下找到几个文件：“librblas.so”、“libr.so”和“librlapack.so”

　　一般在这些地方：

　　"/usr/local/lib64/R/lib/"

　　"/usr/local/lib/R/lib/"

　　"/usr/lib64/R/lib/"

　　"/usr/lib/R/lib/"

　　如果没有，据说会重新安装R和：/configure-enable-r-shlib参数将在编译期间添加。

　　我在服务器上找到了这些文件，只要做个链接，(而且我以后重装新版本R(3.6.0)的时候，这些文件都是默认生成的)，都链接到默认的lib路径：

　　LN-s `/usr/local/lib 64/r/lib/{ LiBr blas . so，libr.so，LiBr lapack . so }/usr/lib/(/usr/lib 64)`重新安装rpy2成功；

　　测试lefse:

　　Python run_lefse.py - help继续报告错误：ImportError:没有名为singledispatch的模块似乎缺少一个Python模块：single dispatch。

　　下载：https://pypi.org/simple/singledispatch/

　　Python setup.py没有报告错误。

　　然后测试lefse: python run _ lefse.py-help

　　没有显示错误，因为我有服务器的root权限，所以配置相关文件很方便。目前不知道没有root权限怎么操作。

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