antismash安装,anti slash
antiSMASH本地安装简要:反捣碎的本地安装需要安装很多的依赖包,本文章使用城市辅助安装
参考:官方:https://个文档。反捣碎。次生代谢物。组织/安装/
文章:http://博客。科学网。cn/blog-3416913-1240614。超文本标记语言
创建反糖化虚拟环境(不是必须但非常建议) # 创建conda create-n anti mash python=3.5 #激活康达激活抗糖化#退出当前环境康达去激活反捣碎#查看城市环境康达-环境列表依赖包下载康达安装-y菱形=0。8 .36 conda install-y快速采油树=2。1 .9康达安装-y微光hmm=3。0 .4 conda安装-y hmmer=2。3 .2康达安装-y hmmer=3.1 B2)康达安装-y meme=4。11 .2康达安装-y肌肉=3。8 .31孔达安装-y爆炸=2。6 .0 conda安装-y楼层=2。6 .3康达安装-y爪哇-JDK括号中的hmmer3.1b2在后面执行反糖化时发生错误,只下载hmmer=2.3.2就好
下载反糖化建议下载:5.2.0版本
5.1.2版本和和更新后个人简历模块冲突
下载地址:https://dl。次生代谢物。org/releases/5。2 .0/反捣碎-5。2 .0 .焦油。地面零点
解压安装
$ tar-zxf antismash-5.2.0.tar.gz
$ pip安装反糖化-5。2 .0
数据库下载官方下载命令
$下载-反垃圾邮件-数据库
下载慢的话就参考:http://博客。科学网。cn/blog-3416913-1240614。超文本标记语言
验证:
$反捣碎检查-先决条件
输出:满足所有先决条件即完成安装
执行:
反糖化链霉菌_天蓝色。商业版
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