如何学好生物信息学?,生物信息学学到什么
为了不让大家走我以前学生来信以来走过的坑和弯路,现将一些重要的入门书籍、网站和后续学习渠道总结如下,供大家参考。
目录系统操作编程语言生物学习频道统计StatQuest
生物统计学视频,其中包含了生成信心所涉及的统计基础和统计概念,作者试图通过可视化和结合有趣的例子,让统计新手尽快熟悉内部原理。
作者是国外的大神,所以他的教程全是英文,最早发布在YouTube上。后来中国的哔哩哔哩UP获得了作者的授权,把视频传到中国,配上中文字幕,后面的代码也是这个xfdds上传的。
YouTube:https://www . YouTube . com/playlist?list=plbl H5 jkoolujo 2 q 6 k4 tzelbivaaceykp
https://space.bilibili.com/257347536?哔哩哔哩网站from=search seid=13661736885600696159
部分R代码:https://pan.baidu.com/s/1GQXa0P0_vX_bHgrWVEmAYA提取代码:c2wk
深入浅出统计学
用大量的例子来解释统计学的一些概念。如果不习惯英文视频,可以先用这本书熟悉一下。
系统操作鸟哥的Linux私房菜 基础学习篇
信的大部分软件和分析过程都依赖于服务器,所以使用Linux是必然的。你不必在学习之初就把所有的命令都背下来。当您多次输入常用命令和参数时,您可以记住它们。如果你想进一步了解一个命令,可以打开这本书看看。
鸟哥的Linux私房菜:服务器架设篇
如果以后不涉及数据库设计或者其他运维工作,这本书可以只看了解。
编程R语言实战
目前,R语言是信息处理的主要编程语言,它涵盖了大量的包来处理不同的信息需求,所以学习R语言是很有必要的。
ggplot2:数据分析与图形艺术
从某种意义上说,R吸引人们使用的重要原因就是这个包的存在。它提供了大量可设置的可视化操作模式,几乎可以绘制用户想要的任何图形。
下面是ggplot2画的图。
廖雪峰 Python 教程
网站简洁大方,教程附有大量实例,可以让初学者快速学习python。
网站:https://www.liaoxuefeng.com/wiki/1016959663602400
Python基础教程
Python也逐渐进入信息生成领域,包括Pandas、Matlibplot、Biopython等库,可以方便地执行信息生成分析任务。同样,它也包含一些机器学习包,可以用于生物信息学。
Biopython 包
通用信函分析脚本工具集。包括核酸序列处理、NCBI、UniProt数据库操作和其他常用的信息生成工具。
中文课程:https://biopython-cn.readthedocs.io/zh_CN/latest
英语课程:http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html
吉图布:https://github.com/biopython/biopython
pandas 包
用于分析结构化数据的Python包,包括数据清零、统计计算、添加、删除、插入、修改、提取等。因为底层是基于C的,可以处理大文件,分析速度快。
英语教程:3359pandas.pydata.org/pandas-docs/stable/getting _ started/10min . html
Matlibplot 包
其实就是python中的MATLAB(科学制图中很棒的软件),语法结构和用法大致相同。
它相当于上面提到的ggplot2,但它只是一个运行时和R环境以及Python环境中的可视化工具包。根据个人喜好学这两个中的一个,了解另一个就好了。
英语课程:https://matplotlib.org/
生物细胞生物学,翟中和
当年考试用的书,讲解了各方面涉及的细胞知识。
分子生物学,jqdby
当年考试用的书,对这本书的理解,关系都在对信析理解的后面。比如对数据分析中一些概念的理解,比如基因组比对、转录本定量、单点突变分析、测序中的接头、UMI、条形码等等。
**基因X,勒温* *
它包含了大量的文字和精美的图片,非常详细地解释了生物过程。唯一的缺点就是太厚了。
学习频道(简单易用,非广告)Rosalind
网站:http://rosalind.info/problems/locations/
通过编程,生物信息学实战英文网站提供了大量试题,用户可以在线提交完成。
正确提交后,全世界的人都可以通过评论看到同一个问题的不同解决方案。
生信菜鸟团
微信官方账号,适合初学者的教程,包含常用软件、格式、程序,主要是文献推荐,帮助新手快速进入建信状态。
生信技能树
包含论坛和微信官方账号,有高质量的推文,包括信分析的方法,软件教程,信会的信息,以及彩蛋和吐槽的推文。
生信人
微信官方账号,盛鑫文学推文,研究方法教程
宏基因组
微信官方账号,主要发微生物方面的推文,也有信息分析的教程。
一些有趣的实用项目Python生物信息01:从零开始理解基因序列
Python信息02 :Biopython分析序列
Python信息03:用Python操作NCBI
Python资讯04:批量下载基因和文献
生物信息的多序列比对、系统进化树分析、保守位点分析
r数据可视化01 聚类热图
r数据可视化02 火山地图
自己的CSDN:https://blog.csdn.net/u011262253
自己的简书:https://www.jianshu.com/u/edebc0f5f8ba
自己的知乎:https://zhuanlan.zhihu.com/c_187707704
自己的博客站:https://www.ziptop.top/
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