ADNI数据库,adni数据集下载
之前编制数据的相关内容
数据形态是临床数据。
遗传学(遗传数据)
核磁共振成像
宠物
生物样本(生物样本)
每个模态数据Clinical Data的内容和特征
内容：招募数据、人口统计数据、体检数据和认知评估数据。完整的临床数据集可作为逗号分隔值(CSV)文件批量下载。
基因数据
内容：受试者的基因分型和测序数据，数据格式：CSV，VCF，BAM。
基因分型数据：
APOE基因分型- CSV
TOMM40 PolyT变体- CSV
全基因组测序数据：
WGS SNV因德尔VCF
WGS(卡萨瓦呼叫)SNV - VCF
序列比对数据- BAM(不可直接下载)
有VCF数据，但是数据量很大，而且是以g为单位。
VCF数据的完整表现应该是：
记录(chrom，pos，id，ref，alt，qual，filter，info，format，sample _ indexes，samples=none)其中：
CHROM:染色体名称，类型为str。
位置：基因座在染色体上的位置，类型为int。
ID:一般是变异的rs号，类型为str。如果是“.”，是一个都没有。
REF:该位点参考基因组的碱基，类型为str。
ALT:该位点的测序结果。是_AltRecord类的子类实例列表。类型列表。_AltRecord类有四个子类，代表几种类型的突变，如snp、indel、结构变异等。的所有实例都可以比较(只能相等比较，不能大于或小于)，有些子类不实现str方法，也就是说不能转换成字符串。
QUAL:这个站点的排序质量，类型是int或者float。
过滤器：过滤信息。通过用分号分隔筛选器列形成的字符串列表，类型为list。如果没有给定参数，则为None。
信息：该位点的一些测试指标。以“=”之前的参数作为键，以“=”之后的参数作为值，构建一个字典。字典类型
格式：基因型信息。保存vcf格式列的原始形式，类型为str。现在下载了一个更小的文件，数据量39.5 M(不知道当时是怎么找到的)。其中的信息呈条状，前十条记录如下：
Record(CHROM=gi 251831106 REF NC _ 012920.1 ，POS=3，REF=T，ALT=[C])Record(CHROM=gi 251831106 REF NC _ 012920.1 ，POS=41，REF=C，ALT=[T])Record(CHROM=gi 251831106 REF NC _ 012920.1 ，POS=42
import vcfimport osvcf _ file= adni _ mito _ genomes . vcf vcf _ reader=vcf。reader(filename=vcf _ file)I=0 for record in vcf _ reader:print(record)if I==10:break I=1读取方式
内容：原始，预处理和后处理的图像文件，FMRI和DTI。
数据格式：MRI(结构、扩散加权成像、灌注、静息状态序列)
可用图像数据
图像的例子
下载数据示例(已处理):
名称：ADNI1_Complete_2Yr_1.5T
格式：NiFTI
尺寸：22.5米
尺寸：192 * 192 * 160
类型：T1
制造商：西门子
成像信息：
采集平面=矢状面；采集类型=3D线圈=HE场强=1.5特斯拉；翻转角=8.0度；制造商=西门子；矩阵X=192.0像素；矩阵Y=192.0像素；矩阵Z=160.0Mfg型号=Symphony像素间距X=1.25mm；像素间距Y=1.25mm；脉冲序列=IR/GR；切片厚度=1.2000000476837158mm；TE=3.609999895095825 msTI=1000.0毫秒；TR=3000.0 ms加权=T1
芒果可以用来直接显示图片，效果如下
名称：ADNI1 _基线_3T _ 3t
格式：NiFTI
尺寸：22.5米
尺寸：192 * 192 * 160
制造商：通用医疗系统公司
类型：T1
成像信息：
采集平面=矢状面；采集类型=3D线圈=8HRBRAIN场强=3.0特斯拉；翻转角=8.0度；制造商=GE医疗系统公司；矩阵X=256.0像素；矩阵Y=256.0像素；矩阵Z=166.0制造型号=SIGNA EXCITE像素间距X=1.0156199932098389mm；像素间距Y=1.0156199932098389mm；脉冲序列=RM切片厚度=1.2000000476837158mm；TE=2.8399999141693115 msTI=900.0 msTR=6.616000175476074 ms加权=T1
芒果可以用来直接显示图片，效果如下
在ADNI的扫描是在两种不同的特斯拉扫描仪上进行的，即飞利浦医疗系统和西门子。
飞利浦医疗系统扫描的EPI序列为144卷，场强=3.0特斯拉，翻转角=80.0，TE=30.0ms，TR=3000.0ms，6465矩阵，6720.0层静态fMRI，厚度3.31 mm。
飞利浦医疗系统扫描仪扩展静息fMRI的EPI序列为：200体积，场强=3.0特斯拉，转角=90.0，TE=30.0 ms，TR=3000.0，64 65矩阵，9600.0层厚=3.31 mm。
对于西门子扫描仪，EPI序列为197卷，场强=3.0特斯拉，翻转角=80.0度，TE=30.0ms，TR=2999.99，448448矩阵，197层厚3.4mm。
(此处显示的信息与下载的处理信息TE不一致)
Python代码示例
import skim age . io as io import ni Abel as nib import numpy as NP import randomnii _ file= 1 . NII Img=nib . load(NII _ file)Img _ arr=Img . get _ fdata()Img _ arr=NP . squeeze(Img _ arr)#随机选择一张图片。img _ arr1=img _ arr [:random.randint (0，img _ arr.shape [2]] #数据规格化为[0，1]print(img _ arr . shape)img _ arr 1=(img _ arr 1-NP . min(img _ arr))/(NP . max(img _ arr)-NP . min(img _ arr))io . im show(img _ arr 1)io.
MRI
特点：这些数据的目标是跟踪阿尔茨海默病的恶化和潜在的病理变化。
现有数据
图像的例子
下载的数据：
单张图片尺寸：3.44米
格式：NiFTI
尺寸：91 * 109 * 91
芒果可以用来直接显示图片，效果如下
PET
内容：血液、尿液、脑脊液(CSF)等生物标本。
转载于：https://www.cnblogs.com/zhhfan/p/10151697.html
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