Anaconda安装步骤,anaconda安装教程简书
使用conda快速安装软件安装和使用软件是计算生物学需要掌握的技能。大部分软件都是命令行软件。早期的时候安装软件特别麻烦，但是现在有很多自动安装软件的框架，比如conda。一开始这个框架只是为了方便Python版本和包的安装，后来可以安装在C/C或r等任何运行环境中，它有一些打包的发行版，里面安装了各种软件，比如Anaconda。
1.要安装conda，可以去anaconda官网下载最新版本，或者去镜像源站下载anaconda历史稳定版本，也可以安装更小的miniconda。
由于最新版本总是容易出现版本不匹配的情况，所以最好选择从镜像源下载稳定版本。
在这里我选择了2020年11月的windows版本下载安装，一路走到下一个就不错了。
安装完成后，Anaconda3和一系列应用软件出现在开始菜单栏中。
您可以单击Anaconda提示符，输入类似cmd的命令行框进行后续操作。
2.创建一个新的环境和python版本。由于在运行不同的软件或代码时经常需要不同的环境，所以我们需要创建不同的环境来管理各种库和包的版本。
步骤1:在窗口中输入下面一行代码，创建一个名为python38的虚拟环境，该环境使用python38版。(当然，随着不同软件的需求，你可以用不同的环境名和不同的python版本创建许多环境。)
a create-name python38 python==3.8输入y安装python 38，出现下图表示python 38环境创建完成。
第二步是激活刚刚创建的名为python38的虚拟环境。
一个CondActivate python38你可以看到命令行前面的圆括号已经从开头的默认(base)变成了当前环境的名称(python38)，说明你现在已经来到python38环境了。安装在此环境中的库和包的版本不会影响其他环境。
你可以通过conda list查看这个环境下安装的库和包的版本。
可以通过conda env list查看存在哪些不同的环境。
3.使用conda或pip安装软件。在使用康达安装之前，需要注意的是，由于外网速度的限制，我们需要提前添加一些国产的图片源，否则康达下载软件会非常慢。要恢复到原始通道，请输入condaconfig-remove-keychannels。(此处不需要)
在命令行复制输入以下代码并回车，为conda添加国产图像源。
康达配置-添加频道https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/conda配置-添加频道https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/康达配置-添加频道https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/conda配置-添加频道https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/msys 2/康达配置-添加频道https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/conda配置-添加频道https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/云/menpo/康达配置-添加频道https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/pytorch/conda配置-设置show _ channel _ URLs是使用康达信息查看是否已更改。
查看已安装的图像源。
Conda config - get channels删除频道。
条件配置-移除通道3359.添加路径后，下一步是安装软件。这里以常用的计算生物学软件为例，如blast、mafft和bwa/tophat/tophat2。
但是在使用conda 安装blast的时候，遇到了安装非常慢的问题（一直转圈），感觉是因为这些包没有windows版本的原因。于是，决定还是在WSL2 linux虚拟机上，重复上面操作，提前添加一个bioconda的镜像源，在linux上安装软件。
安装的blast BLAST有blastn，blastp，blastx，tblastn，tblastx等。
输入conda install blast安装blast。
输入blastn/blastp/blastx/tblastn/tblastx-h，查看安装是否完成以及如何使用。
安装mafft多序列比对是生物信息学分析中的常见操作。目前多序列比对软件很多，没有完善的多序列比对工具。有文献报道：
输入conda install mafft安装maft in comparison speed(MuscleMAFFTClustalWT-Coffee)和maftmusclet-coffeeclusstalw(Coffee clustalw)，输入maft-h检查安装是否完成以及如何使用。
安装bwa bwa是一个DNA-seq比较工具。BWA似乎被用于大多数全基因组或全基因组外的比较。
进入conda install bwa安装bwa，运行bwa -h查看安装是否完成。
安装tophat/tophat2。选择要安装的tophat2更新版本。Top hat 2是一个RNA-seq比较工具。
发现tophat所有版本的python2.7在官网都有，基本停止更新。
因此，有必要创建另一个Python版环境(这里我已经创建了)。
运行conda install -y bowtie2安装bowtie2。
然后新建一个，进入tophat文件夹。
先输入wget命令，在官网下载到压缩包。
wget https://anaconda . org/bioconda/top hat/2 . 1 . 1/download/Linux-64/top hat-2 . 1 . 1-py27 _ 3 . tar . bz2已下载。
再次解压缩文件夹。(gz文件只需要一个额外的z)
tar-xvf top hat-2 . 1 . 1-py27 _ 3 . tar . bz2
输入sudo vim /etc/profile打开添加文件的路径。
在末尾添加export path=/mnt/c/11381/tophat/zxdxhd:$ path 以将top hat添加到路径中。
根据在线教程输入tophat2运行。
但是我发现这样做仍然会给我一个错误。
后来发现也可以通过康达安装tophat直接安装tophat！然后找到tophat所在的tophat文件，cd到文件夹，使用vi tophat命令进入vim编辑器，按A进入编辑模式，更改#！/usr/zxdxhd/env python替换为刚刚创建的python2环境的路径，比如/home/zw/miniconda 3/envs/python 27。按Esc后：wq保存并退出，再次运行tophat2。
但是发现这种做法有问题，就是进了python。
后来，当我看到tophat实际上是一个py文件时，我注释掉了tophat的前面，并在运行时输入python2 tophat来运行它。
4.我在这次安装字母生成软件时了解到，设置环境是相当困难的，尤其是在没有一个软件提供windows版本的情况下。即使康达加了图像源，我也装不了。还是需要安装在linux或者macos的操作系统上，这样更友好。我甚至想买一台macbook来玩。最后，我想到了在我的电脑上安装了wsl2的linux，解决了这个问题。
此外，CSDN提供的大多数博客都是重复和过时的，我希望社区能够改善它们。最后，您需要通过自己查看文件的性质来进行调试。跑就是胜利！
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