生信分析软件都有哪些,生信分析系统

　　生物信息分析或生物医药健康大数据分析极其复杂或困难。sixclock尝试使用简单的界面和从简单到拖动的步骤来分析数据。

　　后面会详细讲解sixoclock的运行机制，并用一个案例演示通过sixoclock处理数据的过程。可以点击文末六点了跳转网址。

　　什么是sixoclock？

　　下载六点钟客户端软件

　　从六点钟仓库下载软件

　　通过客户端运行下载的软件。

　　1.六点是什么？

　　Sixoclock是一个云协作平台，提供可重用、模块化和可视化的生物医学数据处理算法。使用sixoclock可以快速获得可靠的数据处理软件和流程，并通过在线可视化参数配置界面设置和下载软件参数。利用本地计算设备，一键下载，一键操作即可完成。

　　2.下载六点钟的软件运行六点钟平台，需要安装六点钟客户端。sixoclock基于docker(需要root或docker运行权限)或udocker(不需要root权限，但部分软件无法正常运行)。要运行该软件，您的计算机中需要安装docker或udocker。运行安装程序将引导您安装这些依赖环境。

　　2.1 windows用户

　　双击程序installer.exe完成安装。有关详细信息，请参考Sixbox windows [2]的用户说明。

　　2.2 linux用户运行bash Sixbox_linux64_latest.sh命令完成安装。详情请查阅Sixbox linux版本[3]的操作说明。

　　3.从六点钟仓库下载软件，登录访问六点钟软件仓库[4]，搜索需要的软件。

　　单击选中的软件项进入软件详细信息页面，该页面提供基本信息、说明和软件结构。其中，

　　软件结构和参数配置面板提供了软件参数的详细介绍。可以点击下面软件结构图中的图标查看。

　　页面右上角的下载按钮提供了软件主文件的下载，有json和yaml两种格式。你可以选择一个下载。

　　设置按钮提供软件运行参数的在线配置功能。对于大多数用户，建议您以这种方式配置软件。点击设置按钮，开始配置软件的运行参数。

　　以samtools-faidx的参考基因组索引为例，点击input_f图标，设置参考基因组路径。

　　用户可以下载hg19.chr21.fasta[5]进行测试，

　　本例输入本地下载后的路径，D:\Downloads\hg19.chr21.fasta完成该参数的配置。

　　点击下载，选择下载数据，完成软件和参数配置文件的下载。

　　这里建议点击主文件同时下载软件和参数配置文件，下载结果会是一个zip包。

　　4.通过客户端运行下载的软件。从sixoclock下载的软件需要和客户端软件一起运行。可以去下载中心[6]下载相应的版本安装程序。

　　4.1 windows用户对于一般的windows用户，我们提供了一个简单的可视化运行软件。具体可以去Sixbox[7]了解。

　　4.2 Python用户对于Python用户，我们建议您下载sixoclock官方包sixrunr[8]来运行下载的软件，

　　可以通过pip安装sixrunr，

　　Install SixRunr以上节下载的运行samtools-faidx为例，在终端(linux系统)或命令提示符(windows系统)运行命令：

　　xrunr c:\ users \ 6 oclock \ downloads \ Sam tools-faidx . cwl c:\ users \ 6 oclock \ downloads \ Sam tools-faidx . job . YAML其中，

　　Samtools-faidx.cwl是从sixoclock软件仓库下载的Samtools-faidx软件主文件，

　　Samtools-faidx.job.yaml是为软件的相应用户可视化配置的运行参数。

　　4.3 linux用户对于linux用户，下载安装Sixbox linux版本后，终端运行命令：

　　sixbox run/home/test/Sam tools-faidx . cwl Sam tools-faidx . job . YAML其中，

　　Samtools-faidx.cwl是从sixoclock软件仓库下载的Samtools-faidx软件主文件，

　　Samtools-faidx.job.yaml是为软件的相应用户可视化配置的运行参数。

　　4.4检查结果

　　软件的成功运行将生成输出文件路径摘要结果和运行日志。

　　以windows cmd窗口运行为例（其它平台类似),最终结果为：

　　信息[职务文档_步骤_0_]已完成成功信息[步骤文档_步骤_ 0 _]已完成成功信息[工作流]已完成成功{ fai :{ location : File:///C://Users/6 oclock/hg19。chr 21。法斯特。fai ，基本名称: hg19。chr 21。法斯特。fai ， class: File ， checksum : sha1 $ 958740059 cbb 43 C 539 f 7 b 89 a49 a 7 f 60 D5 C4 B3 ，大小至此，一个完整的数据处理过程结束了，您可以开始尝试处理自己的数据。

　　参考文献[1]下载中心：http://www。六点钟。净/下载中心

　　[2]六格窗版使用说明：http://www。六点钟。网络/支持中心/六框窗口

　　[3]Sixbox linux版使用说明：http://www。六点钟。net/support-center/six box-Linux

　　[4]六点钟软件仓库：http://www。六点钟。网络/应用程序/管道

　　[5]hg19。chr 21。fasta:http://www。六点钟。net/resources/data/NGS/智人/Reference/hg19。chr 21。序列相似性搜索工具

　　[6]六个runr:https://pypi。组织/项目/六个runr/

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