mirna表达谱数据库,miRNA数据分析
miRNA数据库——mirBase(序列数据库)mirBase是曼彻斯特大学研究人员开发的一个在线MiRNA数据库(序列数据库)。该数据库包含来自200多个物种的近40,000个mirna的信息,是最全面的mirna数据库。该网站如下
http://www.mirbase.org/index.shtml
主页:
:导航栏
主页:主页
搜索:有很多方法可以搜索miRNA。
浏览:miRNA可以按物种搜索
帮助:帮助信息
下载:下载页面
博客:miRBase日志
提交:注册一个新的miRNA
:搜索栏
: mirbase数据更新日志
: miRNA数据库版本号和当前包含的miRNA条目数
: miRNA搜索栏:可以通过miRNA名称或关键字搜索miRNA(基本同)
:下载链接
::miRBase数据库介绍
:参考文献(发表miRBase结果时应引用相关参考文献)
有关miRNA信息检索可以查看这一篇文章:
使用miRBase数据库的教程
我们可以很容易地搜索和浏览这个数据库中的信息。以人类为例,在浏览菜单中可以检索到人类所有的miRNA前体,如下图。
代表ID miRNA前体的名称,Accesion代表miRNA前体的编号;RPM是Reads perl million mapped的缩写,代表miRNA前体的表达水平;染色体、起点、终点和链表示miRNA前体的染色体位置信息,置信度表示可靠性。
以hsa-let-7a-1为例。单击链接查看详细信息。在详细信息页面,您可以获得该miRNA前体的基因、序列、茎环等信息。
还可以看到这个miRNA前体产生的两个成熟的miRNA序列和对应的靶数据库,如下图。
MiRNA靶注释可以分为以下两类
1.通过验证目标实验验证了目标结果,相应的数据库如下
mirbasetarbase 2 . predicted targets软件预测的结果,以及相应的数据库如下
戴安娜-麦特
微小RNA。(同organic)有机
MIRDB
RNA22-HSA
目标矿工
该数据库可以免费下载,ftp地址如下
ftp://mirbase.org/pub/mirbase/CURRENT/
下载的整体数据集示例:
你可以根据你想要的来筛选。筛选方法有:
选择python中包含列表中某一列的特定字符的所有行。
python3如何筛选excel中的特定行(行中的值满足某个条件/行中的值属于某个集合)
参考来源:
作者:盛鑫实践手册
链接:https://www.jianshu.com/p/b057f152759f
来源:简书
作者:MedBioInfoCloud(MedBioInfoCloud)
链接:https://cloud.tencent.com/developer/article/1481947
来源:微信微信官方账号
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