地理信息系统导论汤国安,地理信息系统概论汤国安课后答案

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　　#对应于上面的A-F 6模块，本地版本的命令行操作示例如下

　　设置#A，LEfSe的数据格式。详见format_input.py -h。

　　指定#-c，必须指定class()的行)；-s，指定sub_class行(默认)；

　　#-u，指定subject_id line())的默认值；o，设置归一化值。默认值为-1，不执行规范化。

　　#注意：是版本问题。可能找不到format_input.py命令。可能是lefse-format _ input.py。

　　# python格式_输入。Pyle fse _ test . txta _ lef se _ test . in-C1 S2 u3-o 100000

　　格式_输入。Pyle fse _ test . txta _ lef se _ test . in-C1 S2 u3-o 100000

　　#B，LEfSe分析，详细run_lefse.py -h

　　#-l 2.0，将LDA得分的对数值的最低阈值设置为2

　　run _ lef se . pya _ lef se _ test . inb _ lef se _ test。第12.0号决议

　　run _ lef se . pya _ lef se _ test . inb _ lef se _ test。第14.0号决议

　　#备注：对于B的输出，可以选择从中删除不必要的(不显眼的)数据。

　　(用C、D、e提高绘图美感。

　　Draw #C，LEfSe分数值。详见plot_res.py -h。

　　#注意：是版本问题。可能找不到plot_res.py命令。可能是lefse-plot _ res.py。

　　# lef se-plot _ RES . pyb _ lef se _ test . resc _ lef se _ test.LDA.pdf-格式pdf-dpi 150 -宽度16

　　plot _ RES . pyb _ lef se _ test . resc _ lef se _ test.LDA.pdf-格式pdf - dpi 150 -宽度16

　　#D、绘制进化分支图，详见plot_cladogram.py -h。

　　#注意：由于版本问题，可能找不到plot_cladogram.py命令。可能是lef se-plot _ clad gram . py。

　　plot _ clad gram . pyb _ lef se _ test . resd _ lef se _ test . clad gram . PDF-格式PDF-DPI150

　　#E，省略单幅画面显示，直接用f画出所有画面。

　　#F，描述差异特征，详见plot_features.py -h。

　　#注意：由于版本问题，可能找不到plot_features.py命令。可能是lefse-plot _ features.py。

　　mkdir -p F_out

　　plot _ features . pya _ le fse _ test . inb _ le fse _ test . resf _ out/le fse _ test-格式pdf-dpi 200

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