cog功能注释,GO注释,KEGG注释不一致,go语言 注解

　　参考：https://www。cn博客。com/xiaojikuaipao/p/7190779。html https://blog.csdn.net/ygyxl/article/details/79742751

　　去注释主要有两种方法：序列相似性比对（BLAST）和结构域相似性比对(InterProScan)

　　1. 将基因序列与swiss-prot蛋白质数据库进行 BLAST 比对，得到如下结果：

　　c00 _ G1 _ i1 rnf 13 _老鼠52.00 50 23 1 17 166 240 288 2e-11 65.5

　　c01 _ G1 _ i1 RS25 _ neu Cr 78.72 94 20 0 375 94 1 94 1e-32 116

　　其中，第二列为瑞士港口蛋白质数据库序列的ID(UniProtKB ID)。

　　2. 注释

　　从ftp://ftp.pir.georgetown.edu/databases/idmapping下载idmapping.tb.gz，该文件共有22 列（制表键分割),如：

　　q 6 gzx 4 001 r _ frg 3g 2947773 YP _ 03 81941549；49237298 pf 04947 GO:0006355；GO:0046782；GO:0006351 uniref 100 _ q6 gzx 4 uniref 90 _ q6 gzx 4 uniref 50 _ q6 gzx 4 UPI 00003 b0fd 4 654924 15165820 ay 548484 aat 09660.1

　　UniProtKB登录号UniProtKB ID EntrezGene参考序列NCBI GI号PDB Pfam GO PIR SF IPI uniref 100 uniref 90 uniref 50 UniParc PIR-PSD登录号美国国家生物技术信息中心分类学MIM uni gene Ensembl PubMed ID EMBL/GenBank/DDBJ EMBL蛋白质_ ID

　　根据文件idmapping.tb.gz，将爆炸的结果，通过UniProtKB ID，将第八列的去号注释到对应的基因上，

　　python uniprot 2 go _ annotate。py idmapping.tb.gz启动输出文件

　　结果如下：

　　c93619_g2_i1 GO:0005506，GO:0016705，GO:0016021，GO:0004497，GO:0020037

　　c93619_g2_i3 GO:0009733，GO:0020037，GO:0044550，GO:0016021，GO:0016020，GO:0016711，GO:0009813，GO:0005789，GO:0005506

　　c70056_g1_i1 GO:0005737，GO:0019722，GO:0071889，GO:0005829，GO:0001077，GO:0006357，GO:009720，GO:000978，GO:0046872，GO:0005634，GO:0006874

　　c93748_g1_i1 GO:0006729，GO:0008124

　　转载于：https://www。cnblogs。com/Shawn 2018/p/8667968。超文本标记语言

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