conda安装包命令,如何用conda安装软件

  conda安装包命令,如何用conda安装软件

  一.导言

  开源的包管理系统和环境管理系统,包括多种语言的包安装、运行、更新、删除,最重要的是可以解决ssdzm问题。支持的语言有Python,R,Ruby,Lua,Scala,Java,JavaScript,C/C,Windows中支持的FORTRAN,在macOS和Linux上运行Conda可以构建不同的环境,同时,保存环境。conda包和环境管理器包含在Anaconda和Miniconda的所有版本中。2.安装下载 (Linux 64位系统为例)https://repo.anaconda.com/miniconda3-latest-Linux-x86 _ 64 . sh

  下载地址:https://conda.io/en/latest/miniconda.html

  图片:https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/安装bash mini conda 3-最新-Linux-x86 _ 64.sh

  配置环境检查安装是否成功,如果没有问题,会显示conda版本号。

  Conda版本新环境

  conda create - name您的环境名称

  Your_env_name是环境的名称,后面会详细介绍环境的操作。

  激活环境

  Condactivate添加通道(相当于R的镜像源)

  康达配置-添加https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/频道

  康达配置-添加https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/频道

  康达配置-添加https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/频道

  conda配置-设置show_channel_urls是

  国产镜子推荐:

  https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/

  https://mirrors.ustc.edu.cn/help/anaconda.html,用法和命令的详细解释:https://conda.io/en/latest/1。包管理功能conda的一大特点是下载软件资源会自动解决ssdzm。

  搜索包查看特定的包

  一个condsearch fast qc安装包安装具体的包(需要确认安装,可以看到conda解决了ssdzm问题,环境问题也解决了)。

  conda安装fastqc

  安装特定版本的软件包(conda search fastqc可用于查看软件版本)

  conda安装fastqc=0.11.6

  安装多个软件包

  条件安装快速QC multiqc包更新更新特定包

  condupdate fastqc更新Python

  Conda更新python更新conda本身和Anaconda元数据包。

  康达更新康达

  condopdate anaconda阻止软件包更新

  conda更新fastqc -无引脚

  在环境的conda-meta目录中,添加一个名为pinned的文件,该文件包含您不想更新的软件包列表。

  包删除删除当前环境中的包

  Conda remove pkg_name删除特定环境中的包。

  remove-n环境名称包名称删除多个包。

  condremove pkg _ name1pkg _ name2确认删除的包。

  Condolist包列表当前环境中的所有包

  Condolist特定环境所有软件包

  Condolist-n环境名称2。环境管理功能每个环境都有自己独立的软件或开发包列表,并且会自动添加相应的环境变量和依赖项。

  创建环境创建具有特定名称的环境

  Conda create -n env_name使用特定版本的Python创建一个环境。

  Condcreate-n env _ name Python=3.4用特定的包创建环境

  Conda create -n env_name pandas使用environment.yml配置文件创建一个环境。

  conda env create-f environment . yml

  Environment.yml文件:

  名称:stats2通道:- javascript依赖项:- python=3.4 #或2.7 - bokeh=0.9.2 - numpy=1.9。* - nodejs=0.10。* -烧瓶- pip: -烧瓶-测试

  导出环境文件环境导出environment.yml环境文件来激活需要导出的环境conda activate env_name。

  导出conda env _ nameexportenvironment . yml

  激活环境conda激活环境名称

  停用环境conda停用环境名称

  查看环境(当前环境用*表示)conda info -envs

  删除环境conda remove - n环境名称

  构建相同的conda环境(不同机器间的环境复制)激活需要导出配置文件的环境

  Condolist-explicit files.txt在同一系统的不同机器上执行。

  conda创建名称环境名称f文件. txt克隆环境(同一台机器的环境复制conda创建名称克隆环境名称克隆环境名称

  3.渠道管理这决定了您从哪个站点下载和安装资源包。

  添加一个新通道到顶部,最高优先级condaconfig-add channels new _ channel

  或condaconfig-前置通道new _ channel

  在底部添加一个新通道,最低优先级condaconfig-append channels new _ channel

  示例创建不同版本的Python环境

  Python 3.6的蟒蛇环境conda create -n py36 python=3.6蟒蛇

  Python 2.7的蟒蛇环境conda create -n py27 python=2.7蟒蛇

  5.报错解决错误:加载共享库时出错解决办法(以libbz2.so.1.0为例):搜索find/-name libbz2.so.1.0比如得到路径为/root/anaconda3/lib

  添加动态链接库到配置文件:vim /etc/ld.so.conf

  包括ld.so.conf.d/* .conf /root/anaconda3/lib查看是否配置成功ldconfig -v grep bz2

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