python 怎么调用类,python 怎么调用库

　　python中如何调用R？包括如何调用R的对象(函数和包)，如何将R和python的对象相互转换，如何调用R的脚本(外部参数的输入)。Python提供了一个模块rpy2，可以很好的做到这一点。

　　一、安装rpy2

　　Rpy2的网站：http://rpy.sourceforge.net/index.html

　　您可以使用easy_install来安装，# easy_install rpy2

　　注意事项：

　　(1)如果是源代码编译安装R，需要在configure步骤添加后缀-enable-r-shlib。

　　(2)需要安装python-devel包。

　　二、python调用R对象

　　1.使用rpy2.robjects包的r对象。

　　调用方法如下。下面这个robject.r的调用方法，其实是启动了一个r的交互过程，只是把r的代码写成一个字符串(注1)，然后调用r:

　　此时，有三种方法可以调用R对象：

　　第一种类型：rob objects . r[ pi ]

　　第二个：rob objects . R( pi )(这个方法在某种程度上是万能的，因为你可以把任意大小和长度的R代码写成python字符串，然后通过rob objects . R( Rcode )调用它。)

　　第三种方法：rob objects . r . pi(这种方法对于名字中带有“点”的变量会产生问题，比如data.frame/read.csv,等。所以推荐第一种方法)

　　相关：《Python教程》

　　下面是R函数(自创函数或R内置函数)的创建和使用方法。注意：最后一种方法对于处理一些特殊格式非常有效：

　　#creatanRfunction

　　rob objects . r(

　　f函数(r){pi*r}。

　　)

　　rob objects . r[ f ](3)

　　[9.424778]

　　#internalfunctioninR

　　rob objects . r[ ls ]()

　　#另一个内部功能

　　l=robjects.r[letters]

　　镜头(左)

　　ro objects . r[ paste ](l，collapse=-)

　　# analternativewayofgetting获取“粘贴”功能r

　　#evaltheRcode

　　coder=paste(%s，collapse=-)%(l.r_repr())

　　rob objects . R(coder)对于list、matrix等一些特殊的R对象，如果python想从中移除一些数据，可以通过其rx()和rx2()方法进行操作。对于list，您可以查看它的name属性来获取列表中所有元素的名称。Rx()和相当于[的操作(注意要去掉

　　的是R的list对象），而rx2()相当于"[["操作。一个例子：

>>>tmp=r("list(a=matrix(1:10,nrow=2),b='Hello')")
　　>>>printtmp
　　$a
　　[,1][,2][,3][,4][,5]
　　[1,]13579
　　[2,]246810
　　$b
　　[1]"Hello"
　　>>>tmp.names
　　<StrVector-Python:0x8afdc8c/R:0x8ce0a70>
　　['a','b']
　　>>>tmp.rx('a')
　　<ListVector-Python:0x8afd86c/R:0x8cf71c0>
　　[Matrix]
　　a:<class'rpy2.robjects.vectors.Matrix'>
　　<Matrix-Python:0x8b013cc/R:0x97de388>
　　[1,2,3,...,8,9,10]
　　>>>tmp.rx(1)
　　<ListVector-Python:0x8b010cc/R:0x8cf7100>
　　[Matrix]
　　a:<class'rpy2.robjects.vectors.Matrix'>
　　<Matrix-Python:0x8b017cc/R:0x97de388>
　　[1,2,3,...,8,9,10]
　　>>>tmp.rx2(1)
　　<Matrix-Python:0x8b01b4c/R:0x97de388>
　　[1,2,3,...,8,9,10]
　　>>>tmp.rx2('a').rx(1,1)#firstelementof'a'
　　<IntVector-Python:0x8b01acc/R:0x8cf6fa0>
　　[1]
　　>>>tmp.rx2('a').rx(1,True)#firstrowof'a'
　　<IntVector-Python:0x8b01f2c/R:0x965ffd8>
　　[1,3,5,7,9]

注意事项：

　　如果函数有警告（warnings），在ipython等IDE上能够执行，但是如果是脚本或者与网页服务器交互，则会产生错误。

　　解决办法：

　　（1）鲁莽的解决很简单，强行忽略R的警告，options(warn = -1)或者R代码放入函数中suppressWarnings()。

　　（2）第二种办法，如果是自己代码中使用了warning()函数，则将warning信息换成字符串，之后单独输出。

　　如果R的函数参数用到向量，有两种解决办法：

　　（1）使用robject.**Vector()函数（见下）先将python对象转换成R对象，然后带入函数；

　　（2）直接使用python对象，一个例子：

>>>fromrpy2.robjectsimportr
　　>>>a=r['matrix'](range(10),nrow=2)
　　>>>printa
　　[,1][,2][,3][,4][,5]
　　[1,]02468
　　[2,]13579

2、python对象转换成R对象

　　通常，可以将python的list对象，转换成为R的vector对象，之后直接使用R函数调用。相应的函数是robjects.StrVector()/robjects.IntVector()/robjects.FloatVector()/robjects.complexVector()/robjects.FactorVector()/robjects.BoolVector()/，这些函数将python列表转化成R的字符/整数/浮点/复数/因子/布尔向量。robjects.ListVector()将python的字典转换成R的列表。

　　具体转换可见http://rpy.sourceforge.net/rpy2/doc-2.2/html/vector.html#creating-vectors

　　比如：

>>>testmatrix=robjects.IntVector([1,2,3,4])
　　>>>robjects.r['matrix'](testmatrix,nrow=2)
　　#anotherdynamicargumentsexample
　　>>>x=robjects.IntVector(range(10))
　　>>>y=robjects.r.rnorm(10)
　　>>>kwargs={'ylab':'foo/bar','type':'b','col':'blue','log':'x'}
　　>>>robjects.r.plot(*args,**kwargs)
　　>>>

注意事项：

　　使用vector系列函数时，输入的只能是python的列表，而不能是数字或者字符串。

　　3、载入和使用R包

　　使用rpy2.robjects.packages.importr对象，调用方法是

>>>fromrpy2.robjects.packagesimportimportr
　　>>>base=importr('base')
　　>>>stats=importr('stats')
　　>>>affy=importr('affy')
　　>>>stats.rnorm(10)
　　如果想引用一个包中的隐变量，也很简单，只要载入包，然后所有r命令化成成字符串，之后引用即可（这种方法是万能的），比如
　　>>>fromrpy2.robjects.packagesimportimportr
　　>>>importr('hwriter')
　　>>>a=r('hwriter:::hwrite.table(matrix(1:10,2))')
　　>>>print(a)
　　[1]"<tableborder="1">n<tr>n<td>1</td><td>3</td><td>5</td><td>7</td><td>9</td></tr>n<tr>n<td>2</td><td>4</td>
　　<td>6</td><td>8</td><td>10</td></tr>n</table>n"

4、导入R脚本

　　使用R的source函数：

fromrpy2.robjectsimportr
　　r.source('testrscript.r')

5、转换R对象为全局变量

　　因为使用函数robjects.globalenv()将对象转换成全局变量，特别是遇到python找不到一个R对象时（此时R对象可能通过r('Rcode')调用），留意将R对象转变成全局变量。

　　三、R对象转换成python对象

　　推荐使用tuple( )或者list( )函数，将R对象转换成tuple或者list。

>>>a=r('c(1,2,3)')
　　>>>a
　　<FloatVector-Python:0x904746c/R:0x9114978>
　　[1.000000,2.000000,3.000000]
　　>>>str(a)
　　'[1]123n'
　　>>>tuple(a)
　　(1.0,2.0,3.0)
　　>>>list(a)
　　[1.0,2.0,3.0]
　　>>>b=r('matrix(1:6,2,3)')
　　>>>b
　　<Matrix-Python:0x9039c6c/R:0x9114710>
　　[1,2,3,4,5,6]
　　>>>printb
　　[,1][,2][,3]
　　[1,]135
　　[2,]246
　　>>>tuple(b)
　　(1,2,3,4,5,6)
　　>>>list(b)

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