python ini文件读写,python修改ini文件里面的参数值
在一个学生工程师的日常工作中,除了脚本编程、文件读写、绘图、统计等常规操作之外。它还将涉及编写一套完整的管道。此时,需要一个标准配置文件来保存所需的参数设置。以下是业界常用的标准化配置文件格式
JSONXmlYAMLINI作为windows上配置文件的标准格式,对于没有编程基础的人来说更容易编写和修改,而后三种格式对程序更友好,处理起来也更方便。ini文件的一个例子如下
[默认]
线程=5
[示例]
后缀=fastq.gz
[映射]
方法=蝴蝶结2
线程=10
过滤器=假
mapq=20
Map_ratio=0.8每个括号及其相关配置称为section,括号中的名称是section的标识符,区分大小写。在上面的例子中,3个内容块对应于3个部分。在section下,许多参数是以key=value的形式定义的。该键不区分大小写,该行中多余的空格将被忽略。
在python3中,内置模块configparser用于读取ini文件。用法如下
导入configparser
config=configparserConfigParser()
config.read(config.ini )
[config.ini]
成功读取后,所有内容都存储在config对象中,可以通过类似字典的操作访问数据。
# sections方法返回所有部分的名称
config.sections()
[样本,修剪,映射]
配置[示例]
部分:示例
#使用字典操作来访问数据
配置[示例][后缀]
fastq.gz
配置[示例][线程]
5
配置[映射][线程]
10
这个默认部分有其特殊的功能。它定义了默认参数和相应的值,所以在上面的代码中,也可以在映射部分访问threads的值。
无论读取什么类型的内容,都是以字符串的形式存储的,所以对于数字来说,逻辑值需要我们自己进行转换,写为
#默认字符串
配置[映射][线程]
10
#用int函数自己转换
int(配置[映射][线程])
10
#使用模块提供的getint方法进行转换
配置[映射]。getint(“线程”)
10当然也可以通过程序生成ini文件,用法如下
导入configparser
config=configparserConfigParser()
配置[DEFAULT]={threads:5}
config[ SAMPLE ]={ suffix : fastq . gz }
配置[映射]={}
配置[映射][方法]=bowtie2
配置[映射][线程]=10
config[ MAPPING ][ filter ]= false
config[MAPPING][mapq]=20
配置[映射][映射比率]=0.8
用open(config.ini , w )作为f:
.配置写入(f)
.ini定义了配置文件的标准格式,通过configparser模块可以快速方便地处理ini文件。
目标
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