pdb模块进行python程序调试,python中pdb的使用教程

　　Biopython PDB模块

　　Biopython PDB模块详细操作教程

　　Biopython提供了传记。操纵多肽结构的PDB模块。PDB(蛋白质数据库)是最大的蛋白质结构在线资源。它具有许多不同的蛋白质结构，包括蛋白质-蛋白质、蛋白质-DNA和蛋白质-RNA复合物。

　　要加载PDB，请键入以下命令-

　　#文件名：example.py

　　#作者：www.lidihuo.com

　　#日期：2020年8月25日

　　fromBio。PDB进口*

　　1.蛋白质结构文件格式

　　PDB将蛋白质结构分成三种不同的形式

　　Biopython不支持基于XML的文件格式。

　　Pdb文件格式，这是一种特殊格式的文本文件。

　　PDBx/mmCIF文件格式。

　　蛋白质数据库分发的PDB文件可能包含格式错误，这将使它们不明确或难以解析。传记。PDB模块试图自动处理这些错误。Bio.pdb模块实现了两种不同的解析器，一种是mmCIF格式，另一种是pdb格式。

　　让我们学习如何详细解析每种格式-

　　1.1.mmCIF解析器

　　使用以下命令从pdb服务器下载mmCIF格式的示例数据库-

　　#文件名：example.py

　　#作者：www.lidihuo.com

　　#日期：2020年8月25日

　　pdbl=PDBList()

　　 pdbl.retrieve_pdb_file(2FAT ，pdir=。，file_format=mmCif )

　　它将从服务器下载指定的文件(2fat.cif)并存储在当前工作目录中。

　　在这里，PDBList提供了从在线PDB FTP服务器列出和下载文件的选项。lve _ pdb _ file方法需要下载文件的名称，不带扩展名。Resolve_pdb_file也可以选择指定下载目录-pdir和文件格式-file_format。文件格式的可能值如下-

　　MmCif(默认，PDBx/mmCif文件)

　　Pdb格式

　　Xml (PMDML/XML格式)

　　高度压缩的

　　捆绑包(大型结构的PDB格式存档)

　　要加载CIF文件，请使用Bio。MMCIF.MMCIFParser如下所示-

　　#文件名：example.py

　　#作者：www.lidihuo.com

　　#日期：2020年8月25日

　　parser=MMCIFParser(QUIET=True)

　　data=parser . get _ structure( 2FAT ， 2FAT.cif )

　　在这里，QUIET将在分析文件时禁止显示警告。Get_structure将解析文件并返回ID为2FAT的结构(第一个参数)。运行上述命令后，它将解析文件并打印可能的警告(如果有的话)。现在，使用以下命令检查结构-

　　#文件名：example.py

　　#作者：www.lidihuo.com

　　#日期：2020年8月25日

　　数据

　　若要获取类型，请使用下面指定类型方法，

　　打印(类型(数据))

　　这样就成功解析了文件，得到了蛋白质的结构。在下一章，我们将学习蛋白质结构的细节以及如何获得它。

　　1.2.PDB分析器

　　使用以下命令从PDB服务器下载pdb格式的示例数据库-

　　#文件名：example.py

　　#作者：www.lidihuo.com

　　#日期：2020年8月25日

　　pdbl=PDBList()

　　 pdbl.retrieve_pdb_file(2FAT ，pdir=。，file_format=pdb )

　　这将从服务器下载指定的文件(pdb2fat.ent ),并将其存储在当前工作目录中。要加载pdb文件，请使用Bio。PDB.PDBParser如下所示-

　　#文件名：example.py

　　#作者：www.lidihuo.com

　　#日期：2020年8月25日

　　parser=pdb parser(PERMISSIVE=True，QUIET=True)

　　data=parser . get _ structure( 2fat ， pdb2fat.ent )

　　在这里，get_structure类似于MMCIFParser。PERMISSIVE选项试图尽可能灵活地解析蛋白质数据。

　　现在，使用下面给出的代码片段来检查结构及其类型

　　#文件名：example.py

　　#作者：www.lidihuo.com

　　#日期：2020年8月25日

　　数据

　　打印(类型(数据))

　　好的，头结构存储字典信息。为此，请键入以下命令-

　　#文件名：example.py

　　#作者：www.lidihuo.com

　　#日期：2020年8月25日

　　print(data.header.keys())字典密钥([

　　名称，负责人，沉积日期，释放日期，结构方法，决议，

　　结构_参考,期刊_参考,作者,复合,来源，

　　关键词,期刊])

　　要获取名称，请使用以下代码-

　　#文件名：示例. py

　　#作者：www.lidihuo.com

　　#日期：2020年8月25日

　　print(data.header[name])

　　抗尿激酶型纤溶酶原激活物受体(upar)抗体：晶体

　　结构和结合表位

　　还可以使用以下代码检查日期和解决方案-

　　#文件名：示例. py

　　#作者：www.lidihuo.com

　　#日期：2020年8月25日

　　打印(数据。标题[发布日期])2006-11-14

　　打印(数据。标题[分辨率])1.77

　　2.物理数据库结构

　　物理数据库结构由包含两个链的单个模型组成。

　　L链，含残基数

　　H链，含残基数

　　每个残基由多个原子组成，每个原子都有一个由(x，y，z)坐标表示的三维(三维的缩写)位置。在以下部分中详细了解如何获得原子的结构-

　　2.1.模型

　　Structure.get_models()方法返回模型上的迭代器。它定义如下-

　　#文件名：示例. py

　　#作者：www.lidihuo.com

　　#日期：2020年8月25日

　　model=data.get_models()

　　模型

　　模型=列表（模型)

　　型号[]

　　类型（型号[0])

　　在此，模型精确地描述了一个三维(三维的缩写)构象。它包含一个或多个链。

　　2.2.链

　　Model.get_chain()方法返回链上的迭代器。它定义如下-

　　#文件名：示例. py

　　#作者：www.lidihuo.com

　　#日期：2020年8月25日

　　chains=list(models[0]).get_chains())

　　链

　　[, ]

　　类型（链[0])

　　在此，链描述了适当的多肽结构，即结合残基的连续序列。

　　2.3.残基

　　Chain.get _ residues()方法返回残基上的迭代器。它定义如下-

　　#文件名：示例. py

　　#作者：www.lidihuo.com

　　#日期：2020年8月25日

　　剩余=列表（链[0])。get _ residues())

　　len(残留物)

　　293

　　剩余1=列表（链[1])。get _ residues())

　　len(剩余1)

　　311

　　残基保留着属于氨基酸的原子。

　　2.4.原子

　　Residue.get_atom()返回原子上的迭代器，如下所示：

　　#文件名：示例. py

　　#作者：www.lidihuo.com

　　#日期：2020年8月25日

　　atoms=list(residue[0]).get_atoms())

　　原子

　　[, ]

　　原子拥有原子的三维(三维的缩写)坐标，称为向量。定义如下-

　　#文件名：示例. py

　　#作者：www.lidihuo.com

　　#日期：2020年8月25日

　　原子[0]。get_vector()

　　它表示x，y和z的坐标值。

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