python 字符串反向输出,python逆向输出字符串
安装处理序列
顺序对象和标准计算机编程语言字符串有两个明显的区别。首先,使用不同的方法10 .1 ` `序列`对象支持普通字符串的许多方法,但其翻译)方法在进行生物翻译时不同。同样,还有其他生物学方法,例如反向补码()。其次,顺序对象具有一个重要的属性字母表。此对象用于描述由单个字符组成的序列字符串的"卑鄙"(含义)以及如何解释该字符串。例如,AGTACACTGGT序列是脱氧核糖核酸序列吗?还是富含丙氨酸、甘氨酸、半胱氨酸和苏氨酸的蛋白质序列?
#指定此序列的类型为脱氧核糖核酸序列
生物课上的。序列导入序列
生物课上的。字母表导入国际理论和应用化学联合会
my_seq=seq(agtactggt),IUPAC.unambiguous _ dna))。
我的序列
seq(agtacactggt、IUPACUnambiguousDNA))
我的序列字母表
IUPACUnambiguousDNA(
#序列对象包含类似字符串的。计数) )方法。请记住这是在进行不重叠的计数,就像计算机编程语言的字符串一样。
生物课上的。序列导入序列
旅游区的。计数(aa)。
2
以下(AAAA).计数)(aa))。
2
#生物100 . SeqUtils模块内置函数计算乔治勋章含量
生物课上的。序列导入序列
生物课上的。字母表导入国际理论和应用化学联合会
生物课上的。序列导入乔治勋章
my _ seq=seq(gatcgatggctataggatcgaaatcgc(,IUPAC.unambiguous _ dna))。
GC(我的序列)是
46.875
#分隔序列,从0开始计数
生物课上的。序列导入序列
生物课上的。字母表导入国际理论和应用化学联合会
my _ seq=seq(gatcgatggctataggatcgaaatcgc(,IUPAC.unambiguous _ dna))。
我的序列[4:12]
seq(gatggcc)、IUPACUnambiguousDNA)
#将序列对象转换为字符串
str(我的序列)为
gatcgatgcctataggatcgaaaatcgc
#悲伤的悟空格式化计算机编程语言字符串或插入操作符(% )时,可以直接使用顺序对象和)s占位符,而不必担心序列自动换行。
fasta _ format _ string= name \ n % s \ n % my _ seq
打印快速格式字符串
名字
atcgatggcctataggatcgaaaaaatcgc
#合并序列使用""作为合并字符串
#序列对象的大小写转换与字符串类似,包括上面的和降低方法
#序列对象中内置了获得互补性和逆互补性的函数
生物课上的。序列导入序列
生物课上的。字母表导入国际理论和应用化学联合会
my _ seq=seq(gatcgatggctataggatcgaaatcgc(,IUPAC.unambiguous _ dna))。
我的序列
seq(gatcgatggcctataggatcgaaatcgc(,IUPACUnambiguousDNA))
我的序列补码(
seq(ctagctaccgatatatatatatatattacgtagcg(,IUPACUnambiguousDNA))
我的序列反向补码(
seq(gcgatttcgatctataggcatcgat(,IUPACUnambiguousDNA))
#序列中有内置的函数转录,将脱氧核糖核酸序列转录为核糖核酸序列
编码_dna
seq(atggccattgtaatgcccgctgaaggtgccgatag(iupacunambiguousdna))
信使_ RNA=编码_ DNA。转录者(
信使_rna
seq(augcgauguaugggccgcuggaugcgauag(,IUPACUnambiguousRNA))
#序列中还有逆转录的函数反转录
#翻译
#翻译函数将顺序对象转换为蛋白质数组。默认情况下遇到终结者不会停止翻译。默认情况下使用美国国家生物技术信息中心的标准密码子表。
#如果需要翻译线粒体序列,则需要告诉他们使用与翻译函数相关的遗传密码:
coding _ DNA.translate (table=脊椎动物线粒体)
maivmgrwkgar(,hastop密码子)IUPACprotein, * )
也可以使用美国国家生物技术信息中心表中的标签指定要使用的遗传密码。这将使其更加简洁100 .GenBank .文件中的特征注释经常包含表的标签:
coding_DNA.translate(table=2))。
maivmgrwkgar(,hastop密码子)IUPACprotein, * )
#悲伤的悟空发现使用了停止参数时,到终结者为止中止翻译,终止密码子本身不翻译
coding_dna.translate(
seq(maivmgr*kgar)、HasstopCodon ) IUPACprotein(,(*))
编码_ DNA。translate(to _ stop=true))。
序列(maivmgr)、IUPACProtein)
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