c++教程和Python有什么不同,先学c语言还是python

　　涉及物种或基因组间差异分析的方法增加了软件安装和路径，LEfSe是目前常用的方法。LEfSe主要通过在线分析和局部分析来实现。在线分析受网络等因素影响，速度可能会极慢。本地分析基于Windows或Linux系统，因此可以更灵活地参与。本文以Windows系统为例，在自己的书中向大家展示如何运行LEfSe。不用再委托公司了。

　　首先安装pyhthon (2.7版本2.7)和r，然后将软件安装路径添加到计算机的系统环境变量中。例如，如果安装在D:\Rnew\R-3.4.4 "上，请复制此路径。下图：

　　然后右键单击我的电脑属性。

　　接下来是“高级系统设置”

　　然后双击“环境变量”

　　然后双击“环境变量”，可以看到两个“路径”。

　　为了避免意外，我们分别操作两条路径。以上图窗口中的Path为例，双击Path，然后点击“新建”(我的系统是Windows S10。Windows S10以下的系统好像可以直接双击Path进行操作()，然后将R的安装路径粘贴到新创建的框架中进行确认。细心的朋友会注意到，我也通过“d:(rnew(r-3.4)”。

　　看看这个。检查r是否成功加入Path，打开CMD命令行模式，然后键入r-enter。下图显示我们的操作是成功的。

　　接下来，添加Python。方法与R相同.

　　同样，在CMD命令行中键入python，然后按Enter键。下图显示python已成功添加到Path中。

　　并且模块包安装完成以上操作后，我们已经成功将Python和R添加到Path中。在使用这两个进行数据分析的时候，我们已经安装了别人写的模块和包。LEfSe主要执行python，但是调用r的几个包，首先对于Python来说，必须安装“numpy”、“rpy2”、“matplotlib”三个模块，r上必须安装几个包，比如mvtnorm和coin先安装Python的模块，如果数据分析时找不到 packages ，就用r安装相应的包，以numpy模块的安装为例。在CMD命令行上运行。

　　PISTALLD:\ python \ numpy-1 . 14 . 1-CP27-none-win _ amd64 . whl等待安装完成。这里打开了三个cmd，分别是“numpy”、“rpy2”和“

　　安装模块后，在CMD命令行中键入python，按Enter键，然后键入：

　　导入数字输入键。下图显示numpy已经成功安装。请注意，还必须安装rpy2和matplotlib。

　　这一步非常重要。打开系统环境变量，创建“New”。变量名为“R_USER”，变量值为路径。然后“好的”

　　准备好了就需要下载LEfSe分析的代码：https://位bucket.org/n segata/metapt LAN/wiki/metapt LAN _ pipelines _ tutorial。

　　解压下图中的代码。

　　您将获得以下文件：

　　到目前为止，前期工作已经差不多准备好了，接下来就要对种子或者基因的数据进行格式化了。第一列是种类名称，第一个行为示例是重复的。请不要忘记使用和操作。

　　开始分析并打开CMD，将执行路径切换到包含要分析的数据的路径。我的数据在“D:\应永”上。

　　D: CD:(应永具体操作如下图所示。

　　代码是“D:\lefse”，第一步：

　　d:\ lef se \ format _ input . pyhh . txt lefse . in . txt-C1-o 100000

　　步骤：

　　d :\lef se\run _ lef se。Pyle fse.in.txtlefse.out.txt-L3

　　第三步：我开始画画。

　　d:\ le fse \ plot _ RES . Pyle fse . out . txt LDA . pdf-格式pdf

　　第四步：仍然是数字，

　　d:\ lefse \ plot _ clad ogram . Pyle fese . out . txt yuan . PDF-format PDF-labered _ start _ le v1

　　然后，出现了LEfSe分析的通用图。对于每一组中生物标志物的相对丰度，请不要在此演示。留下悬念，有需要的朋友可以自行探索，句后加入QQ群讨论。

　　在上图中，你可以看到物种名称没有完全显示出来。这里建议大家使用“AI软件”(Adobe Illustrator)进行调整(这是调整，不是修改！关于LEfSe分析操作，需要自己灵活操作，千万不能画虎为患。对于图解的解释，可以参考很多公开发表的论文。为了加快初学者分析和绘制数据的速度，创建了QQ群。是335774366。欢迎感兴趣的朋友指导。

　　现在是2019年。女士们先生们，“猪”事顺利做一只特立独行的猪。

　　声明：以上内容仅为作者个人理解。如有错误，请指正。

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