python多线程优化,

　　这篇文章主要为大家介绍了大蟒实现盖特克多线程加速示例详解，有需要的朋友可以借鉴参考下，希望能够有所帮助，祝大家多多进步，早日升职加薪

目录

GATK 变异分析

　　对于大数据样本可能会比较慢，因此可以按照染色体拆分后进行多线程并行计算。

　　下面是我写的一个大蟒多线程脚本，仅供参考，拙劣之处敬请指正。

　　#!/usr/bin/python3

　　导入线程

　　导入操作系统

　　导入线程

　　导入时间

　　多线程=[]

　　bam_file=a.mkdup.bam

　　out_file_prefix=flower

　　chr_list=[CHR01 ， CHR02 ， CHR03 ， CHR04 ， CHR05 ， CHR06 ， CHR07 ， CHR08 ， CHR09 ， CHR10 ， CHR11 ， CHR12 ， CHR13]

　　对于chr_list:中的儿童健康研究（Child Health Research的缩写）

　　threads _ co monder _ name= gatk单元型caller-intervals chr -R/mnt/j/BSA/02-read-align/TIF runner 2。fasta-I bam _ file -ERC GVCF-O out _ file _ prefix - chr 。ERC。g . vcf

　　多线程。追加(线程_命令_名称)

　　exitFlag=0

　　类myThread(线程。螺纹):

　　def __init__(self，threadID，name，counter，commander):

　　threading.Thread.__init__(self)

　　self.threadID=threadID

　　self.name=name

　　自我。计数器=计数器

　　self.comander=comander

　　定义运行（自身):

　　打印(开始线程：自我名)

　　打印时间(自己的名字，自己的计数器，5,自己的命令)

　　打印(退出线程：自我名)

　　定义打印时间(线程名、延迟、计数器、命令):

　　#当计数器：

　　如果exitFlag:

　　threadName.exit()

　　时间.睡眠(延迟)

　　打印（命令)

　　操作系统（命令)#调用操作系统命令行处理数据

　　#计数器-=1

　　# 创建新线程

　　threadlist=[]

　　对于I，线程nu in enumerate(muthreads[0:11]):

　　打印（一)

　　打印（线程数)

　　threadsnew=myThread(1， Thread- str(i)，2，threadsnu)

　　threadlist.append(threadsnew)

　　# 开启新线程

　　对于线程列表：中的线程

　　threads.start()

　　对于线程列表：中的线程

　　threads.join()

　　打印(运行结束退出主线程)

下面的来自网络未验证

　　多条染色体的同样本的椎体压缩性骨折文件合并

　　# for i in {1.22 } X Y；do echo -I final _ chr $ I . vcf \ ；完成的

　　#因为我在{10.19} {1.9 } M X Y；do echo -I final _ chr $ I . vcf \ ；完成的

　　模块加载java/1.8.0_91

　　GATK=/home/jianmingzeng/biosoft/GATK/GATK-4。0 .3 .0/GATK

　　$ GATK GatherVcfs \

　　-I final_chr1.vcf \

　　-I final_chr2.vcf \

　　-I final_chr3.vcf \

　　-I final_chr4.vcf \

　　-I final_chr5.vcf \

　　-I final_chr6.vcf \

　　-I final_chr7.vcf \

　　-I final_chr8.vcf \

　　-I final_chr9.vcf \

　　-I final_chr10.vcf \

　　-I final_chr11.vcf \

　　-I final_chr12.vcf \

　　-I final_chr13.vcf \

　　-I final_chr14.vcf \

　　-I final_chr15.vcf \

　　-I final_chr16.vcf \

　　-I final_chr17.vcf \

　　-I final_chr18.vcf \

　　-I final_chr19.vcf \

　　-I final_chr20.vcf \

　　-I final_chr21.vcf \

　　-I final_chr22.vcf \

　　-I final_chrX.vcf \

　　-I final_chrY.vcf \

　　-O merge.vcf

　　合并的时候需要注意，vcf文件的顺序跟每个椎体压缩性骨折文件里面头文件顺序是相同的。

　　以上就是大蟒实现盖特克多线程加速示例的详细内容，更多关于python GATK多线程加速的资料请关注盛行信息技术软件开发工作室其它相关文章！

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